EBP項目將首先集中完成約9330個真核生物科級別代表性物種（eukaryotic family）的基因組，從而獲得與人類參考基因組相當或比人類參考基因組更好的參考基因組。接著，在14萬～20萬個真核生物屬（eukaryotic genera）中，對來自每個屬的一個物種進行基因組草圖繪制。最后，對剩下的150萬個已知的真核生物物種（eukaryotic species）的基因組進行低覆蓋測序。這些精細度不同的基總有機碳分析儀因組之間還能通過比較分析或進一步測序，幫助我們獲知更多的信息。EBP計劃的意義重大。以Harris Lewin, Gene Robinson, John Kress為代表的EBP工作組成員表示，這是第一個真正的全球大型基因組測序項目，能讓世界上數千名科學家和數百萬民眾參與，所產出的超大數據超過1EB（相當于1億部高清電影，播放2.3萬年），將推動全新計算算法、分析方法和模型的創立，革新我們對生物學的理解，有望極大改善物種保護工作，并為農業、醫藥和生態系統服務創造新的基因資源。研究者們完成該項目的信心來源之一，是不斷下降的的測序成本與不斷進步的測序技術。人類基因組計劃之后，個人全基因組測序成本不斷降低，由最初的30億美元下降到現在的1000美元，甚至可能更低。作為全球最大的基因組學研發中心，華大基因已于2015-2016年相繼推出了多款自主研發的測序系統，目前已具備量產測序儀的實力，也將運用這一優勢，助力EBP項目的實施。